日本は、1999年に韓国と共同研究を皮切りに本格的にFTAを推進する方針に転換した。しかし、韓国とのFTA交渉は遅れ、その間に日本はシンガポールとの間でFTA交渉を迅速に進め、2002年に日本初の地域貿易協定（日本・シンガポール新時代経済連携協定）が発効されるに至った。その後、ASEAN諸国それぞれとの二国間FTA交渉に乗り出し、またメキシコとのFTAも締結した。2007年4月には日豪FTAの交渉が始まる予定であるが、農業・酪農に関する関税が撤廃されれば日本産の農作物や乳製品が圧倒されると予想され、北海道などで反発が相次いでいる。
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